Para la evaluación de afiches del Annual Poster Day fui asignada a la Sección II y estuve a cargo de evaluar los afiches A-3, B-1 y C-1. Sin embargo, como sólo se disponía de 30 minutos para dicha evaluación y los temas de investigación eran tan interesantes solamente logré evaluar los afiches A-3 y B-1.

El primer afiche corresponde al estudiante Kevin Babilonia con su proyecto Interaction of Polycyclic Hydrocarbons (PAH’S) with DNA. En cuanto a los aspectos a evaluar que se presentaron en la tabla de evaluación, el afiche cumplió eficientemente con todos ellos. El mismo contaba con los componentes de resumen, introducción y resultados; el resumen provisto era adecuado; la introducción indicaba el conocimiento existente al tema y planteaba el problema de investigación; la metodología establecía el procedimiento para evaluar la hipótesis; los resultados se presentaron de forma clara; la discusión de los resultados confirmaba la hipótesis y el afiche fue presentado en una letra legible. En adición a esto, el estudiante demostró conocimiento acerca del tema de investigación y contestó claramente las preguntas realizadas haciendo referencia a los datos de su afiche.

Las preguntas realizadas fueron las siguientes:

1. ¿Conoces algún ejemplo específico de alimentos que afecten al ser humano?
2. ¿Cuál  base en el DNA?

En cuanto a la primera pregunta, la contestación fue la siguiente: “No conozco un ejemplo como tal sino que ocurre en alimentos cocinados al barbecue porque es por combustiones incompletas.” Y en cuanto a la segunda, “Según la literatura, existe mayor afinidad por Adenosina y también por Guanina.”

La aportación científica de este trabajo radica en que la investigación está relacionada en conocer cómo se afecta el DNA debido a los alimentos que consumimos que son cocinados al barbecue por ejemplo.

Con respecto al segundo afiche, el mismo corresponde a los estudiantes Héctor Camareno, Tamara Maldonado, Diana Rodríguez, Yanira Marrero, Tatiana Maldonado y Fernando Mérida. EL título del proyecto es Screening of Xylosa-Fermenting Yeast Strains for Production of Cellulosic Ethanol. EL estudiante que me presentó el trabajo fue Héctor Camareno. El afiche presentado también cumplió eficientemente los aspectos evaluados (que ya fueron mencionados). También, demostró conocimiento sobre el tema y contestó claramente las siguientes preguntas:

1. ¿Por qué no aparce la tercera especie de levadura en los resultados de las especies?
2. ¿Cómo esperan contribuir con su investigación?

Las respuestas fueron las siguientes: “La tercera especie no se presenta porque no dio buenos resultados en experimentos con masa celular y concentración de sustrato, por lo que no es útil para la investigación.” Y en cuanto a la aportación, con la misma “se espera proveer una fuente alterna de producción de etanol, además del maíz, para ser utilizado como combustible.”

Hasta el momento, se ha logrado separar y purificar los fotoproductos de la promazina. Se han encontrado al menos cinco productos de la irradiación de la droga mediante el uso de las técnicas de TLC y GC-MS. Por eso, utilizando una escala del 1-5 puedo calificar el progreso de este trabajo de investigación con un 4 donde se se ha logrado al meno un 80% de los objetivos establecidos en la entrada anterior, ya que se ha observado mucho progreso en el proyecto.

En cuanto a dificultades afrontadas se pueden mencionar la disponibilidad de espacio en el laboratorio y el poder coincidir con el técnico de laboratorio. En cuanto a la primera, he aprendido a trabajar con el mínimo de espacio y materiales teniendo siempre consideración con aquéllos con los que comparto el laboratorio (ya que se llevan a cabo otras tres investigaciones). También, he tenido que procurar dejar siempre mi área de trabajo limpia y ordenada a causa del poco espacio. En cuanto a la segunda, a veces he tenido que ajustar el horario de trabajo al del técnico para lograr estar presente en el lab al mismo tiempo que él, ya que muchas de las dudas me son aclaradas por él. También, he tenido que aprender a trabajar sola y a resolver problemas por mí misma.

Finalmente, a continuación el abstract sometido para la presentación del afiche en el Annual Poster Day:

Promazine is one of the tricyclic antidepressant drugs (TCA) used for treatment of mental disorders. This and other related TCAs produce skin rashes and photosensitization in humans. It has been proposed that the photoproducts of these TCAs do participate in their phototoxicity mechanism. Therefore, the objective of this project is to separate and characterize the photo-products of promazine using 254nm irradiation under mild conditions (PBS pH 7.4). To date, more than five products have been isolated. At present, Thin Layer Chromatography (TLC) and Gas Chromatography with Mass Spectrophotometry (GC-MS) were used to identify the photoproducts. Moreover, Column Chromatography (Silica) is also being used to concentrate the compounds for better product identification.

Para este semestre estaré trabajando en un proyecto totalmente diferente al del semestre anterior. El título del nuevo proyecto es Photodegradation of Promazine in PBS/7.4 . El mismo trata acerca de la degradación de la droga promazine al ser irradiada con luz ultravioleta (UV). La promazina es una droga antidepresiva utilizada para tratar pacientes con desórdenes mentales como la ezquizofrenia, por mencionar alguno. Se ha encontrado que esta droga causa reacciones a la piel ante exposición al sol. Estudios anteriores con fenotiazinas (grupo al que pertenece la promazina) han reportado que los fotoproductos de las fenotiazinas (como lo es la promazina) participan en el mecanismo de fototoxicidad responsable de las reacciones a la piel en humanos.

Es por eso, que para este semestre se espera aislar y caracterizar los fotoproductos de la promazina para proponer un mecanismo que pueda ser utilizado para reducir los efectos secundarios de la promazina. Para esto, se estarán empleando métodos como Cromatografía de Capa Fina (TLC), Comatografía de Gas con Espectrofotometría de Masa (GC-MS) y Columna de Cromatografía de Sílica. La técnica de TLC es un método de separación y purificación que utiliza una fase móvil (líquida) y una fase estacionaria (sólida). La fase móvil es la que “correrá” los productos y en la fase estacionaria se adherirán los mismos. Por su parte, la técnica de GC-MS es un método de separación y purificación que combina dos técnicas: Cromatografía de Gas que se basa en la inyección de la muestra líquida en el cromatógrafo, la cual es evaporada y los picos de absorción son analizados; y la Espectrofotometría de Masa que se basa en la identificación de productos de acuerdo a los grupos funcionales presentes en los mismos. Finalmente, la Cromatografía de Sílica es una técnica de separación por gravedad que tiene como fin la concentración de productos para una mejor separación, identificación y purificación de los mismos.

     Debido a la situacion presentada en la entrada anterior a esta, tome la decision de cambiar de mentor y de investigacion. Ello, debido a que tanto el lugar de estudio como los objetos de estudios iniciales fueron cambiados, resultando, asi, dicho cambio en un tema totalmente distinto al inicial. Consecuentemente, se requeria de comenzar de nuevo, de preparar una nueva metodologia y de generar nueva data a ser analizada. Por esta razon, el progreso mostrado hasta el momento fue poco o ninguno. Ademas, desde la ultima entrada hasta el momento surgieron diversas situaciones ajenas a mi voluntad, las cuales me impidieron cumplir con los objetivos propuestos para el mes de agosto. Sin embargo, a la fecha me encuentro trabajando bajo la supervision del Dr. Carmelo Garcia, Profesor de Quimica en la Universidad de Puerto Rico en Humacao. Estare ofreciendo mas detalles acerca de esto ultimo en la proxima entrada.

Lamentablemente, debo reportar que hasta el  momento no ha habido pogreso en el proyecto. Esta experiencia ha sido bien difícil para mí, todo ha sido bien cuesta arriba y al momento me siento bien desanimada. No he logrado obtener resultados y tengo la presión de que debo reportar algo para cumplir con el Programa, entre otras cosas. Sin embargo, no sería ético que reportara datos que no existen. Por esa razón, he decidido escribir con toda sinceridad en este blog. Al momento, debido a las situaciones presentadas en el blog anterior, el proyecto ha sufrido modificaciones. En lugar de investigar en el bosque de Aguirre en Guayama, ahora se espera poder investigar en el bosque de la UPR en Humacao. Esto, para evitar que surjan nuevos conflictos de transportación y clima que impidan los viajes de campo. Además, en lugar de analizar agua de mangle, se espera analizar agua de charca y/o agua de áreas perturbadas por humanos en dicho bosque. El fin de esto es poder conocer sobre la relación entre la diversidad microbiana y la variación espacial y temporal en las aguas superficiales de un bosque secundario.

Lamento mucho no poder llenar sus expectativas como el tampoco poder cumplir exitosa y satisfactoriamente con los objetivos del Programa. Sobre todo, lamento mucho más el no poder explotar al máximo mis capacidades, de la forma en que deseo, para contribuir a la investigación científica.

La técnica  nueva aprendida hasta el momento es la de centrifugación, la cual será utilizada como parte del protocolo del diseño experimental del proyecto. Esta técnica consiste en utilizar una centrífuga que utiliza unos tubos de centrifugación con capacidad de 35 mL- 50 mL. La máquina genera un vacío y el rotor gira a grandes velocidades de manera que la misma fuerza centrífuga es la que logra separar las moléculas complejas, mediante diferencias en sedimentación, y las separa en moléculas más simples. Por ejemplo, en el caso del proyecto con agua de mangle, lo que se busca con la técnica de centrifugación es lograr separar los nutrientes del agua de los microorganismos que en ella habitan. Esta separación se da de la siguiente forma: al fondo se forma un pellet o precipitado que se identifica como los microorganismos del agua mientras que el resto de la solución es el sobrenadante que se identifica como los nutrientes del agua. El sobrenadante se descarta y se resuspende el pellet para entonces inocular a las placas de BIOLOG. De esta manera, se busca asegurarse que no hay nutrientes que afecten los resultados del BIOLOG.

De otra parte, con respecto al progreso de las metas establecidas el mes pasado se puede decir que debido a diversas dificultades experimentadas al momento, entiéndase cancelaciones de viajes de campo por problemas administrativos y mal tiempo (clima), al mismo se le puede asignar un valor de 3 donde  el progreso ha sido uno intermedio, ya que se ha logrado al menos el 50% de los objetivos propuestos.

          Para este semestre académico, ya que el tema de investigación se encuentra en sus primeras etapas de desarrollo, se espera alcanzar reportar los primeros resultados de la investigación en curso. Para ello, se ha de llevar a cabo una medición de prueba en un cuerpo de agua localizado en la Universidad de Puerto Rico en Humacao, con el fin de poner en práctica las técnicas a emplearse durante el semestre. Luego de esto, se espera recolectar muestras de agua y medir los parámetros físico-químicos en la laguna del Bosque de Aguirre (el punto de interés). Finalmente, se espera poder realizar conclusiones, comparaciones y análisis estadístico de los resutados obtenidos.

          A diferencia del trabajo realizado el semestre pasado, el cual se basó en la búsqueda y lectura de literatura relacionada al tema de investigación como de la preparación del diseño experimental, durante este semestre se ha de llevar a la práctica o fase experimental el diseño experimental preparado. Esto, con el fin de modificar este último en caso de que así lo requiera; y obtener resultados para reportar.

          Finalmente, además del uso de EcoPlates para el análisis de muestra y del uso del medidor de oxígeno disuelto (entre otros parámetros físicos) YSI 85 y del uso del refractómetro (para medir salinidad) se espera utilizar los programas de análisis multivariado Canoco y PCORD. Ello, para analizar estadísticamente los datos que se esperan recopilar.

A través de mi experiencia con el proyecto de investigación he aprendido a buscar información relacionada al tema de medición de diversidad microbiana en ambientes acuáticos en diversos “papers”. Además, he aprendido a utilizar dicha información para crear el diseño experimental necesario para el proyecto que llevo a cabo junto a mi mentor Denny S. Fernández. También, he aprendido a utilizar el instrumento multimetro YSI, con el fin de medir diversos parámetros físicos y químicos, al igual que diversidad de materiales con los que no estaba familiarizada y con los que sí como los EcoPlates, micropipetas, entre otros. Sin embargo, a pesar de lo enriquecedora de la experiencia de investigación, la misma también ha sido bien retadora. Ello, ya que no ha sido fácil balancear la carga académica con la responsabilidad de cumplir con los requisitos del Programa y la investigación. Además, han surgido innumerables situaciones como el lograr que mi mentor y yo coincidamos en las horas de reuniones para discutir temas relacionados al proyecto. En adición a esto, el mayor reto que puedo mencionar ha sido el desarrollar el proyecto, ya que el mismo apenas se encuentra en pañales. Mi experiencia durante este semestre no sólo se ha enfocado en emplear técnicas de laboratorio sino que ha abarcado diferentes áreas como lo es el comenzar desde cero. De ello he aprendido que el trabajo de un investigador no es nada fácil. Por las razones mencionadas, he acordado con mi mentor en continuar la investigación durante el mes de junio con el fin de alcanzar producir resultados.
Finalmente, espero que para el próximo semestre logre aplicar eficazmente cada uno de los conocimientos adquiridos hasta el momento en beneficio del proyecto y que el mismo alcance una etapa de desarrollo tal que se adquiera información que pueda llevar a conclusiones.

Para el proyecto de investigación he aprendido acerca de la utilización de los EcoPlates con el fin de medir la diversidad metabólica de la población microbiana en un cuerpo de agua. Los EcoPlates son placas con 96 fosas, divididas en tres grupos de 32 fosas, de las cuales 31 fosas contienen diferentes sustratos de carbono y un indicador redox. A cada una se le añade una muestra del agua recopilada del área bajo estudio. Luego de un periodo de incubación, se observará un cambio en color en algunas de las fosas (de incoloro a violeta), lo que indica que algunos de los microorganismos utilizan la fuente de carbono presente en la fosa. El objetivo de estas mediciones es establecer la diversidad metabólica de los microorganismos, a nivel funcional, presente en el cuerpo de agua bajo estudio. Lo beneficioso de los EcoPlates es que las reacciones que se miden se realizan en miniatura, no ocupan mucho espacio y utilizan poca muestra.

Paralelo a esto, he aprendido acerca del instrumento multimetro YSI, el cual es útil para medir las condiciones de salinidad, oxígeno disuelto, temperatura, pH, entre otros, en las que se encuentran los microorganismos. Además, se estará midiendo cómo cambian estas condiciones y el efecto que tienen estos cambios sobre los microorganismos con el paso del tiempo. El instrumento es fácil de utilizar y provee la data de manera inmediata.

En síntesis, las técnicas aprendidas tienen como propósito el identificar la diversidad fisiológica en diferentes sitios de muestreo en el mangle y a diferentes tiempos.

Entre las referencias utilizadas para este proyecto se encuentra el siguiente artículo:

          La investigación que estaré realizando trata acerca de identificar la diversidad metabólica de la población microbiana en un mangle. El objetivo no es identificar al microorganismo sino, de manera general, las funciones que éstos llevan a cabo en la comunidad. Esto es, la degradación de nutrientes que pueden realizar, por ejemplo los microorganismos del mangle del Bosque Aguirre. Hasta el momento, la información recopilada ha sido sobre los instrumentos necesarios para la recolección de parámetros físicoquímicos (como humedad relativa, pH, oxígeno disuelto, conductividad, salinidad, entre otros) y el funcionamiento de los mismos. Entre los materiales necesarios para la recopilación de datos se encuentran: ECO-plates, placas petri para cultivos de microorganismos, YSI (el medidor de oxígeno disuelto, entre otros parámetros) y otros.

            Con respecto al trabajo en equipo, lo único que puedo decir es que este proyecto sólo lo estamos trabajando mi mentor y yo, ya que no hay más estudiantes involucrados en el tema de investigación. Sin embargo, aunque el laboratorio en el que se ha de desarrollar la investigación es compartido con otros estudiantes que trabajan otros temas para mi mento, no existe un equipo de trabajo en el proyecto ya que soy la única en él.